Después de las autopsias, personal ministerial de la Procuraduría General de Justicia de Tamaulipas entregó a las autoridades consulares de Honduras los cuerpos de 16 migrantes que, aseguraban, correspondían a ciudadanos de ese país, aunque no se sabe cómo fueron identificados ya que una semana es poco tiempo para obtener resultados de pruebas de ADN. Además, la cal borronea los rasgos, seca los cuerpos. Aunque algunos migrantes llevaban alguna identificación en la ropa no se dejó asentada qué pertenencias correspondían a cuál cadáver. Las consecuencias pronto se dejaron ver.

La opción más probable de esta entrega –que no especifica la CNDH– es que una representación hondureña se trasladara hasta Reynosa para seguir el protocolo de entrega. El 1 de septiembre, 16 cuerpos fueron repatriados a Tegucigalpa en un avión de la Fuerza Aérea Mexicana; según la reconstrucción de la CNDH, sólo había 14 hondureños identificados para ese día. El documento habla de la entrega en esa misma fecha de dos cuerpos directamente a sus familias. El documento no aclara de qué nacionalidad eran esos dos cadáveres entregados a su familia en México y por qué a Tegucigalpa volaron en total 16 cuerpos identificados como hondureños.

Una vez en Tegucigalpa, las autoridades de ese país ordenaron a las familias no abrir los féretros que les entregaban por cuestiones sanitarias; les exigieron que confiaran en que estaban recibiendo el cuerpo correcto, aunque no les entregaron pruebas de la supuesta identificación. En algunos casos les permitieron ver un video donde se veían los cuerpos tirados, lo que no constaba como prueba de que el que estaba en el féretro era el familiar. Este fue también la solicitud hecha a todas las familias de las víctimas de todos los países. En Guatemala y El Salvador, principalmente, las familias señalan que los ataúdes iban sellados y que militares vigilaban que ninguno fuera abierto. Pero no todos hicieron caso: de los 16 cuerpos que llevados a Honduras, sólo 12 fueron aceptados por sus parientes y trasladados a sus lugares de origen, los cuatro cuerpos restantes fueron rechazados porque los familiares no reconocieron a las personas que llevaban. El Servicio Forense de Honduras tuvo que albergar a los desconocidos. Cuatro cuerpos quedaron en la morgue varados. Dos de esos cuerpos enviados por la procuraduría de Tamaulipas habían llegado a la familia equivocada.

Una semana después, el 8 de septiembre, el cadáver de Misael Castro Bardales, que había sido repatriado bajo el nombre de Carlos Alejandro Espinoza, fue identificado por su hermana como su familiar. Daysi Castro lo reconoció por tres de sus tatuajes (uno eran las letras de sus iniciales, otro su apodo); posteriormente su identidad la confirmaría el cotejo de huellas dactilares en el Registro Nacional de la Personas.

El 15 de septiembre, tras dos semanas de análisis, el canciller de Honduras entregó los cadáveres de Jorge Alberto Osorio Sevilla, de 30 años, y de William Giovani Cortez Benitez, de 22, a sus respectivas familias.